על מנת להעניק למטופלים שירות רפואי מקצועי, מתקדם ומדויק, זקוקים הרופאים לשירותי מעבדה איכותיים וחדשניים. בבית החולים הציבורי אסותא אשדוד הוקם אגף מעבדות, בניהולה של ד"ר חנה לסקס. האגף כולל חמש מעבדות מקצועיות בענפים המרכזיים של המעָבָּדנוּת הרפואית: ביוכימיה קלינית, המטולוגיה, מיקרוביולוגיה, בנקאות דם ופתולוגיה. המעבדות פועלות לאורך היממה, במטרה לספק מענה ושירותים זמינים למחלקות בית החולים ולמטופליו, בכל שעה.
המעבדות בבית החולים מצוידות במכשור מתקדם ובמערכות מחשוב המאפשרות ניהול "ללא נייר", שמתעדכנות באופן שוטף. אגף המעבדות פועל על פי סטנדרטים מקצועיים בינלאומיים. כדי לעמוד בתקני אבטחת איכות מהמחמירים ביותר המעבדות מקיימות מערכת בקרה בניהולו של מנהל אבטחת איכות.