המכון כולל חדר מיון, חדרי ניתוח, מחלקת אשפוז ומרפאת חוץ. במכון מבוצעים ניתוחים שונים ובהם: קטרקט, רשתית וזגוגית, גלאוקומה, עפעפיים וארובת העין, השתלת קרנית ועוד.
מרפאות מכון העיניים מסייעות לבדיקה ולטיפול במגוון רב של בעיות ובהן מחלות עיניים חיצוניות, מחלות קרנית, גלאוקומה, אובאיטיס, נויראופתלמולוגיה, מחלות רשתית, הפרעות בעפעפיים ועוד. במרפאות מבוצעים גם טיפולי לייזר למטופלים עם מחלות רשתית שונות, טיפולי לייזר חדשניים לטיפולים בפגים ועוד.
כמו כן ניתנים במרפאות שירותים של אופטומטריסטים ואורטופטיסטים, ומבוצעות בהן בדיקות עזר אבחוניות הכוללות צילומי עיניים, שדות ראייה, טופוגרפיה של הקרנית, בדיקות אולטרה-סאונד של העין ועוד.
במכון פועלת מרפאה מיוחדת למחלות עיניים של ילדים ובה רופאים שעברו התמחות על מיוחדת, ולצדם עובדים מיומנים במקצועות עזר לרפואת ילדים.